不充分治疗导致的耐药突变的自然选择将会使结核分枝杆菌变成耐药菌株，随着敏感结核菌被非最佳方案杀死后，耐药突变菌株变成优势菌株。导致治疗不充分的因素包括：
1、患者没有服用全部的药物；
2、治疗方案不恰当；
3、治疗药物中断或质量不佳。
