锦鲤由肠型点状气单胞菌引起。该菌是条件致病菌,在普通水体及池底淤泥中常有大量存在,也存在于健康鱼体的肠道中,但是数量不多。当锦鲤生活环境条件恶化,鱼体抵抗力下降时,该菌则可以在肠道内大量繁殖,导致发病。病原菌随病鱼及带菌鱼的粪便排到水中,污染饲料,经口感染。