肺孢子菌在分类学上长期以来被划归原虫,被称为卡氏肺孢子虫。2001年的国际会议上一致同意重新修改命名,以肺孢子菌代替卡氏肺孢子虫。临床上两类易感人群需要引起重视,包括HIV感染人群、尤其是外周血CD4+细胞<200/mm3者;非HIV感染患者例如肿瘤、内脏移植患者,以及其他使用免疫移植药治疗的患者。