1.直接镜检
标本来自上鼻甲刮片、鼻窦吸出物、痰液及活检标本等，用20%氢氧化钾制成湿片直接镜检，可见典型的厚壁具折光性的菌丝，直径6～15微秒，亦可见膨大细胞及弯曲菌丝。孢囊梗直接由菌丝长出，菌丝可分支，呈直角。
2.细菌培养
将临床标本接种于不含放线菌酮的麦芽糖培养基、马铃薯培养基及普通沙氏培养基中，37℃或25℃培养，生长较快，初起菌落表面呈棉花样、白色，渐变为灰褐色或其他颜色。毛霉病发病凶险，而毛霉又常污染痰及环境，故直接镜检往往较培养更有意义。
3.X线检查
X线胸片显示非特异性肺炎和肺梗死。