肺部真菌感染常继发于严重的原发病，症状、体征常无特异性，可有以下临床表现：
1.隐匿性感染
无明显的症状和体征，可自愈。
2.流感样症状
表现为发热、畏寒、头痛、流涕、关节痛、肌痛等。
3.肺部表现
（1）肺炎或支气管炎 最常见，与一般细菌性肺炎难以鉴别。可有发热、咳嗽、咯白色黏稠痰或脓痰、咳血、胸闷、气喘等呼吸道症状，肺部可闻及干湿性啰音，可伴有少至中量胸腔积液。（2）肺结核样表现组织胞浆菌病、皮炎芽生菌病的临床表现有时酷似肺结核，可有干咳、咯血、胸痛等呼吸道症状及午后低热、盗汗等“结核中毒症状”。
（3）肺脓肿和脓胸 常急性起病，可有寒战、高热（多呈弛张热）、咳嗽、咯黏液脓性痰，有时痰中臭味明显，咯血多为痰中带血。
（4）肿瘤样表现 如肺隐球菌瘤、组织胞浆菌瘤、球孢子菌瘤等，酷似周围型肺癌。皮炎芽生菌病、曲霉感染等可破坏肋骨与椎骨，似转移癌之骨质破坏。
（5）肺栓塞和肺梗塞 如嗜血管性的毛霉，易侵犯血管，肺部感染时常导致肺栓塞甚至肺梗塞，似肺血栓栓塞症。
（6）其他 可引起弥漫性肺间质性病变，或类似结节病表现。