细菌是引起脓尿的主要原因，以杆菌最常见，大肠埃希菌占60%～80%，其次为副大肠杆菌、变形杆菌、葡萄球菌、粪链球菌、产碱杆菌、产气杆菌。复杂性肾盂肾炎常见绿脓杆菌。少数情况两种或两种以上细菌同时感染称混合感染。除细菌外，还有霉菌、原虫（丝虫）、埃及血吸虫、滴虫、包虫、巨病毒等。引起脓尿的病因较多，但大致可分为泌尿生殖系统疾病及其临近器官和组织疾病两大类。
1.泌尿生殖系统疾病
（1）肾脏疾病肾盂肾炎、肾脓肿、肾乳头坏死、肾结核、肾结石、肾肿瘤、髓质海绵肾、肾小球肾炎、各种继发性肾病等。
（2）输尿管疾病输尿管结石、肿瘤、巨大输尿管、结核、炎症等。
（3）膀胱疾病膀胱炎症、结核、结石、肿瘤、异物等。
（4）尿道疾病尿道炎症、结石、肿瘤、异物、憩室、狭窄、尿道旁腺炎或脓肿、龟头炎、包茎炎等。
（5）前列腺疾病前列腺炎症、脓肿、肿瘤等。
（6）精囊疾病精囊炎症、脓肿等。
2.泌尿生殖系统
邻近器官和组织疾病包括：肾周围蜂窝组织炎或脓肿、输尿管周围炎或脓肿、阑尾脓肿、输卵管及卵巢炎或脓肿、结肠憩室脓肿、盆腔脓肿等。
