引致坏死性筋膜炎的病原菌较多，且多为皮肤、肠道、尿道的正常菌群，尤其与创伤和切口邻近部位的正常菌群分布有关。其中常见的需氧菌有金黄葡萄球菌、A组链球菌、大肠埃希菌、肠球菌、变形杆菌、假单胞菌、克雷白杆菌等；常见的厌氧菌有厌氧链球菌、脆弱类杆菌、梭状芽孢杆菌等；而且多由需氧菌和厌氧菌协同致病。
