腹膜后内胚窦瘤的病因及发病机制不明，有以下几种学说。
1．迷离学说：是由于原始生殖细胞在胚胎发育时沿体轴从卵黄囊壁到原始性腺的移行过程中迷离所致，解释沿体轴中线分布的特点。
2．胚胎残留学说：生殖细胞残留物在泌尿生殖嵴而没有完成其向成人腺体正常移行。
3．胚胎癌分化学说：胚胎癌在很早期即可能向内胚窦瘤分化。
4．原发性内胚窦瘤转移学说：诊断确立必须排除性腺内胚窦瘤的转移，但有时为隐性病灶。
5．体细胞异向分化学说：起源于异向分化体细胞。
