鼠疫的致病菌为鼠疫菌，其分类学位置为细菌域、变形菌门、γ-变形菌纲、肠杆菌目、肠杆菌科、耶尔森菌属、鼠疫耶尔森菌。鼠疫菌在光学显微镜下为革兰染色阴性、两端钝圆、两极浓染的短小杆菌，菌体长约1-2μm，宽0.5-0.7μm，有荚膜，无鞭毛，无芽孢；基因组由一条环状染色体（约4.6Mb）和3个质粒（pPCP1、pCD1、pMT1）组成，含有4000多个编码序列和大量的插入序列，具有高度的流动性。鼠疫菌最适生长温度为28-30℃，最适pH值为6.9-7.1，对高温和常用化学消毒剂敏感。
