1、本药对溶解纤维蛋白的特异性低，易产生全身性溶栓并发症。表现为：
(1)出血：可为大量出血或致命性的中枢神经系统出血。如为注射部位出现血肿，则不需停药。
(2)变态反应：常引起中等发热，但过敏反应少见。
(3)血栓脱落：未完全溶解的血栓脱落并不常见。
(4)再栓塞：溶栓后，由于最初触发血栓的内皮暴露，未完全溶解的血栓残核可再致栓，溶栓药促发血小板活化，溶栓酶促进FVa活化以及导管促使血管痉挛、血管受损加重等因素，可使溶栓已成功的部位再发生血栓。
(5)经冠状动脉注射本药时，再灌注心律失常(也是冠状动脉再通的标志)的发生率较高，最常见的是加速性室性自主心律及频繁室性早搏。
2、少数患者用药后可能有发热、寒战、头痛、不适等症状，可给予解热镇痛药对症处理。
3、来源于细菌的链激酶制剂，应用后易发生异体蛋白反应(如发热、低血压、荨麻疹、皮疹、支气管哮喘等)。
4、静脉炎：链激酶滴注部位发生的静脉炎是很常见和棘手的。
5、背痛：本药在静脉滴注时可引起严重的背下部痛，停药数min后可缓解，但有时需用阿片类镇痛药缓解。