蛋白磷酸酶的作用和蛋白激酶相反。根据脱磷酸化的氨基酸残基的不同，蛋白磷酸酶也分成蛋白酪氨酸磷酸酶(PTP，PTPase)和丝氨酸/苏氨酸磷酸酶。
参与淋巴细胞激活的蛋白磷酸酶主要有：
①CD45：该分子胞内段的两个结构域发挥PTP的作用，因而CD45属于受体型蛋白酪氨酸磷酸酶，在对抗瓢kPTK的作用和启动淋巴细胞信号转导中发挥关键作用；
②钙调磷酸酶(calcineurin)属丝/苏氨酸磷酸酶，其底物是转录因子NF-AT分子已发生磷酸化的丝氨酸和苏氨酸残基。在钙调磷酸酶的作用下，NF-ATp因脱去磷酸根(p)而激活，成为活化的转录因子NF-AT。