格点模型（也简称HP模型）,最早是由Dill等人1989年提出的。格点模型可分为二维模型和三维模型两类。二维格点模型就是在平面空间中产生正交的单位长度的网格,每个氨基酸分子按在序列中排序的先后顺序依次放置到这些网格交叉点上,在序列中相邻的氨基酸分子放置在格点中时也必须相邻,即相邻氨基酸分子在格点模型中的距离为1。但是需要注意的是,网格中的每个交叉点最多只能放置一个氨基酸分子,如果序列中的某个氨基酸分子已经放置在此位置上,则后序的氨基酸分子就不可以再放置在这个格点上。如果在放置氨基酸分子的过程中出现当前所要放置的氨基酸分子没有位置可以放置了,那就说明该构型是不合理的,需要重新放置。三维格点模型和二维格点模型相似,它是在三维空间中产生的单位长度的立体网格。格点中放置氨基酸分子的方法和二维的相同,但在二维格点模型中放置氨基酸分子时除了序列前两个氨基酸分子外最多只有三个方向可以选择,而在三维格点模型中复杂度提高了很多,放置氨基酸分子最多可以有五个方向可选。