血清补体检查及肾小球免疫荧光沉积类型说明旁路途径的C3活化在APSGN中占优势。典型的免疫沉积为IgG、C3、备解素和C5。这些沉积均不包含经典途径的成分C1q和C4。C5b-9（膜攻击复合物）及其调节蛋白（S蛋白），代表着补体活化的最终产物，定位于C3的分布区域，说明补体是在原位活化而不是在循环中即沉积之前活化的。研究发现血清备解素、C5、C6和MAC（C5b-9）水平的下降与持续的低血清C3相符合。在APSGN整个病程中，血清旁路途径调节蛋白如H和I因子保持正常水平。
但是一些患者可能存在经典途径的活化，其证据是起病后前2周内有一过性的血清C1q、C2和/或C4水平的下降和循环C1-抑制因子-C1r-C1s复合物或C4d片段的出现。这些发现说明了经典途径的活化，反应了急性期循环免疫复合物的形成，而有别于肾小球免疫沉积。最近的研究显示，一些APSGN患者存在凝集素途径活化的证据及MBL的沉积。
具有典型光镜、免疫荧光及电镜病理表现的APSGN可能发生在无补体活化即无低C3血症证据的病人。一项研究显示10%的儿童APSGN的C3水平在起病时正常。针对这些补体水平正常的APSGN的诊断依赖于典型的病理表现。低补体血症与正常补体患者可由是否存在肾小球B因子沉积进行区别。这些发现以及旁路途径调节蛋白H因子的缺失，表明C3bBb转化酶在肾小球沉积，持续的补体活化可能是在原位进行而不是在系统中。