正常角膜即使将培养的真菌液滴入眼内，也不会引起FK，只有在角膜上皮遭到损伤或眼部免疫功能低下的情况下，才会引起真菌机会感染。常见的发病危险因素有以下几种：
(1)植物性眼外伤：以稻谷伤最常见，其次是植物枝叶擦伤和尘埃、泥土、砂石等异物所致。
(2)糖皮质激素滴眼：长期应用不但可引起角膜表层点状糜烂，促进结膜囊内真菌异常增殖，还可导致眼部免疫功能低下，引起真菌的机会性感染。
(3)广谱抗菌药应用：长期局部和全身应用抗菌药，可引起结膜囊内菌交替症发生，促进真菌生长。
(4)配戴角膜接触镜(软性角膜接触镜和0K镜)可直接因为角膜上皮糜烂或上皮擦伤引起真菌感染，也可以通过被真菌污染的保存液或清洁液引起感染。
(5)长期抗癌药和免疫抑制药的全身应用可造成宿主免疫功能低下，导致真菌的机会感染发生。