转座子在原核生物和真核生物中普遍存在，、细菌有两类典型的转座子：简单转座子和复合转座子。
1．简单转座子（ simple transposon） 又称插入序列（IS），是结构最简单的转座子，长度为700~1531bp，由转座酶基因序列和两端长度为9～41bp的反向重复序列构成，其中反向重复序列是转座酶识别位点。
2．复合转座子（ composite transposon） 除了含转座酶基因序列和反向重复序列之外，还含与转座功能无关的其他基因序列，这些基因常常赋予宿主细胞某种表型，例如抗性基因赋予宿主细胞抗药性。复合转座子可以进一步分类，例如Tn3转座子就是一种含氨苄青霉素抗性基因的复合转座子。