酸性多肽按其来源可分为自然分泌类和人工合成两大类别。
自然分泌类
其中自然分泌的酸性多肽主要来自于各种动植物的腺体分泌物（激素）。比如对人体来说，下丘脑、垂体、甲状旁腺、胰岛、胃肠道内壁腺体等的分泌物多属于酸性多肽，如降钙素、甲状旁腺素、胸腺素、胰高血糖素、促胰液素、缩胆囊素、胃泌素、抗利尿激素、缩宫素、生长激素、催乳素等，又如吸血水蛭唾液腺里分泌的水蛭素等。
人工合成类
人工合成的酸性多肽主要是利用各类酶对蛋白质的水解制备，比如用常见的蛋白水解酶对大豆蛋白进行特定条件下的水解，再经过修饰即可得到大豆多肽。
此外，少数酸性多肽也可以通过氨基酸进行定向合成，如我国在1965年在世界上首次通过氨基酸人工合成的牛胰岛素，就是酸性多肽的一种。