金针菇曲霉病菌的无性世代属于半知菌亚门，包括黄曲霉菌和黑曲霉菌两种病菌。在马铃薯蔗糖琼脂平板培养基上生长的菌落颜色不一样，黑曲霉菌的菌落为灰白色，绒状，逐渐转为黑色，在培养基上出现鲜黄色着色区。分生孢子梗直立生长，在梗顶形成分生孢子头，分生孢子短棒状，梗顶串生分生孢子。
金针菇曲霉病的发病特点： 该病菌分布广泛，生活在有机质中，靠气流传播，在菌种生产中培养基灭种不彻底，会引起曲霉菌的污染。栽培过程中，培养料含水量偏高，空气湿度较高，菇房通风不良有利于曲霉菌的污染。试管菌种保存在通风不良温度高的环境下，其棉花塞上容易发生曲霉菌。