对肠阿米巴病诊断可应用结肠镜，尤其是对那些显微镜检查、血清学、PCR检查均未获阳性结果的临床高度怀疑的病例，可行结肠镜检，并活检或吸取分泌物，可行一般固定染色涂片、切片，但并不敏感，可行单克隆或多克隆抗体免疫组织化学或免疫荧光试验，可大大提高敏感性，也可提纯DNA，行PCR分析诊断。对肠外阿米巴病，例如肝脓肿可应用超声波检查、计算机断层扫描（CT），结合血清学、DNA扩增分析等作出诊断。肝脓肿可在超声波监测下穿刺减压、治疗。但是肝脓肿在治疗后6月至1年超声检查方可正常。肺部则以X线检测为主。总之，影像诊断应结合实验室显微镜、血清学、DNA扩增和临床症状，作出早期、准确的诊断，及时治疗病人。