为防止病人、病畜及带虫者的粪便污染食物和饮水，应注意粪便管理和个人卫生，同时保护免疫功能缺陷或低下的人，增强其免疫力，避免与病人病畜接触，凡接触病人病畜者，应及时洗手消毒。隐孢子虫病至今尚无特效治疗药。一般认为，对免疫功能正常患者，应用对症和支持疗法，纠正水、电解质紊乱可取得良好的效果，对免疫功能受损者，恢复其免疫功能、及时停用免疫抑制剂药物则是主要措施。
