1.肛周或直肠器质性疾病
如缺血、炎症性肠病、隐窝炎、肌间脓肿、肛裂、痔疮、前列腺炎、尾骨痛、女性慢性盆腔疼痛等疾病，通过直肠指检、肛门直肠镜、盆腔影像学等检查可鉴别。
2.痉挛性肛门直肠疼痛
为反复发作的局限于肛门或低位直肠部的疼痛，发作持续时间较此病短，一般为数秒至数分钟，发作期间无肛门直肠痛。
