颅咽管瘤有两种组织学亚型：
1、一种是儿童常见的造釉型肿瘤，类似于口咽部的牙釉质形成肿瘤；
2、另一种是鳞状乳头型肿瘤，主要见于成人。
分子生物学研究提示，造釉型和乳头型颅咽管瘤具有不同的遗传学和表观遗传学发生基础，这些差异既有助于明确肿瘤的病理分型，更为颅咽管瘤的分子靶向治疗提供了理论基础。
