血清学试验敏感性不高，确诊依靠内镜下细胞刷刷取白苔涂片检查，显微镜下见到假菌丝、菌丝及酵母菌。活检组织学检查见到真菌成分也具有诊断价值，但敏感性较差。免疫机制受到损害的病人有疼痛性吞咽困难时，要高度怀疑食管念珠菌感染，口腔检查发现黏膜上有典型真菌口腔炎的白色小点。念珠菌性食管炎病人中见到真菌性口腔炎者占20%～80%。肯定性诊断应在活检中见到念珠菌侵犯组织。渗出物及组织的细菌学检查有助于诊断。
