如果患者出现气胸、全身感染、休克、呼吸衰竭或者内科保守治疗和内镜治疗中病情恶化者要考虑手术治疗，异物穿孔并发大出血并疑有食管-胸主动脉瘘者，内镜检查要格外小心，一旦确诊，要立即手术治疗；手术治疗可分为急诊手术和择期手术两大类：对于颈段食管穿孔、胸段食管穿孔者，急诊手术主要是进行修补和彻底引流；择期手术有食管旷置后食管重建和食管切除后重建两重种。食管穿孔于24小时内确诊者，应积极开胸一期修补裂口，若冲洗彻底，引流通畅，可获满意结果。穿孔确诊时间超过24小时，若食管腔内的感染得到有效控制，一期修补多可满意完成。但穿孔时间并不是决定手术修补成功与否的惟一条件，关键还有穿孔后食管壁炎症水肿和纵隔、胸腔感染程度。食管破裂一期修补再发痰的发生率达39%，而穿孔超过24小时进行一期修补后，痰发生率可达50%。对再发瘘的处理，须根据患者的全身状况和胸腔内的局部条件来决定。胸腔引流量不多，一般情况稳定，可继续营养支持，等待破口自行闭合。当痰口长期不愈，可择期行再次痰口修补，间隔时间为6～8周，术中可用带血管蒂的组织如脆肌瓣壁层胸膜、心包、心包外脂肪或大网膜加固修补。若患者有严重的或不能扩张的食管狭窄食管太脆，或食管大面积坏死而无法进行修补，以及属恶性食管病变致穿孔者，可考虑行部分食管切除用胃替代食管，但食管胃吻合需作在颈部，以避开已经感染的胸膜腔，同时彻底清除胸膜腔内坏死组织及感染的胸膜纤维板。