鼠李糖脂可用于处理多环芳烃PAHs（如：应用于墨西哥湾漏油事故中释放出来的多环芳香族碳氢化合物），用于处理水体中难生物降解COD，处理重金属污染等。
鼠李糖脂可以修复人类所造成的环境污染，包括土壤、水、海岸线及海底中的油、金属或其他污染物。鼠李糖脂具有一定的金属螯合能力（“Stability Constants for the Complexation of Various Metals with a Rhamnolipid Biosurfactant”，J. ENVIRON. QUAL., VOL. 30, MARCH–APRIL 2001），它作为螯合剂可以替代EDTA，用来清除土壤、污水及其他液体的重金属污染物。还可用作采用植物方法吸收土壤重金属离子的方式处理土壤，是植物技术原位处理被重金属污染土壤的良好方法。
针对杀虫剂或剧毒农药造成的土壤或水污染，鼠李糖脂和其生产菌铜绿假单胞菌有修复的功效，根据资料（“EFFECT OF RHAMNOLIPID POTENTIAL ON BIODEGRADATION OF ENDOSULFAN BY Pseudomonas aeruginosa IN BATCH STUDIES.” Arunkumar Mani ,J Biosci Tech, Vol 2 (3),2011,268-278）显示，鼠李糖脂能够促进铜绿假单包杆菌降解硫丹，从而修复剧毒污染的土壤或水体。
鼠李糖脂作为生物表面活性剂具有无毒、两亲等性质，并随浓度升高至临界浓度时会对多环芳烃产生明显的增容作用。可以洗脱多氯联苯，并改变多氯联苯的HLB，使其容易被假单胞杆菌吸收降解。