21α-羟化酶基因定位于第6号染色体短臂P21，与HLA-A、-C、-B、-D和-DR位点相邻，HLA型是显性遗传，在受累家庭成员的分析中，可区别同型合子、异型合子或非累个体。21α-羟化酶基因有两个，P450c21A位于补体基因C4A的远着丝粒端，P450c21B位于C4B的近着丝粒端，两个基因的氨基酸序列98%同源，但是P450c21A并无编码mRNA，是一个假基因。两个基因长约3.3kb，各有10个外显子。21α-羟化酶缺乏者60%~70%是酶基因点突变所致，基因缺乏占10%~30%，转换约占10%。