(1)如何获得Fo的精细结构图像；
(2)质子通道c环与蛋白a之间的相互作用机制；
(3)质子流向与马达转向的对应切换机制；
(4)“转子”γ轴的储能机制；
(5)“定子”上的化学循环与“转子”的步进式转动之 问如何实现高效的力学化学耦合；
(6)三个催化位点顺序可逆的构象变换：βo→←βL，βL→←βT和βT→←βo，与γ近距离的相互作用关系；
(7)三个催化位点全都结合核苷才能推动马达转动 还是只需要其中两个结合；
(8)ADP和R与催化位点的结合和去结合是顺序还是随机的；
(9)催化位点聚合方向的构象变化是否有利于ADP和Pi的结合，反之。水解方向的构象变化是否有利于ATP的结合等。