1、DNA甲基化检测— 基因组DNA的提取及浓度测定，设计引物时要求所扩增的片段中必须含有一个或一个以上的CpG岛，以保证检测可以正常进行。
2、DNA甲基化检测— 基因组DNA进行化学修饰，主要采用亚硫酸氢钠修饰，注意温度和时间的掌握，修饰后的DNA单链比较脆弱，操作应轻柔，避免剧烈振荡。适当增加亚硫酸氢钠的浓度，同时适当减少基因组DNA的量可防止假阳性的出现。
3、DNA甲基化检测— 以修饰后的基因组DNA为模板，分别用甲基化引物和非甲基化引物进行PCR扩增，可选用热启动酶或者采用降落PCR等方法提高PCR扩增的特异性。
4、DNA甲基化检测— 将PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳或聚丙烯酰胺凝胶电泳以判断结果。