开发艾滋病病毒疫苗仍然面临很多挑战，在研究HIV-1疫苗的过程中，研究者发现HIV-1病毒在世界范围内存在广泛的多样性，随着病毒的种类越来越多，单一疫苗的作用也会越来越弱，如何开发一种能够应对多种病毒变异、保持效用的疫苗，是需要解决的问题；另外，HIV-1感染者并不能够完全清除病毒，人类缺乏与之相关的明确的免疫保护物，目前相关研究还在推进中。
