人类的mhc II类分子由hla复合体中的d区基因编码，已经明确的II类分子包括hla-dr、dp和dq抗原。II类分子亦是由非共价连接的两条多肽链组成，分别称为α链和β链；与I类分子不同的是，两条链均由hla基因编码。α链的分子量约34kd，β链约29kd；两条肽链均嵌入细胞膜，伸入胞质之中；其膜外区各有两个ig样的功能区，分别称为α1、α2、β1和β2功能区。
