1.PCR技术检测
对脑脊液（CSF）、粪便以及其他活组织中的Troph2eryma whippelii菌检测的阳性率达100%,与其他方法相比更具特异性和敏感性,是CNS病变者确诊的金标准。
2.小肠镜检
空肠是最常见的取材部位。小肠镜下可见到小肠黏膜肿胀、苍白或散在黄色斑块及糜烂灶；光镜下可见到黏膜固有层有PAS染色阳性的巨噬细胞浸润及淋巴管扩张。
3.电镜检查
电镜下可见到巨噬细胞内有杆状菌,其有3层膜,约（1～2）μm×0.12μm大小,即Whippelii菌。
4.其他
磁共振波谱学显示N-乙酰天冬氨酸和肌酸减少、胆碱增加。脑CT、MRI检查显示脑萎缩、广泛脑损害、局灶性异常以及脑水肿,但均无特异性。腹部超声、小肠钡剂造影均可显示一些病变部位,还可指导活检取材。部分Whipple病患者血沉轻度增快。部分患者还可见血小板增多。