由派特逊函数或直接法推出的结构是较粗糙和可能不完整的,故需要对此初始结构进行完善和精修。常用的完善结构的方法称为差值电子密度图,常用的精修结构参数的方法是最小二乘方法,经过多次反复,最后可得精确的结构。同时需计算各原子的各向同性或各向异性温度因子及位置占有率等因子。
最终所得结果的优劣常用吻合因子R来衡量
式中,w为权重因子,下标o,c表示实测值,计算值。