冷泉港实验方案关注CLIP

　　2012年11月，新一期的冷泉港实验方案《Cold Spring Harbor Protocols》发布。本期主要聚焦了双光子成像、淋巴管造影以及CLIP技术。

　　1. CLIP (Cross-Linking and Immunoprecipitation) Identification of RNAs Bound by a Specific Protein

　　这篇protocol改编自《RNA: A Laboratory Manual》一书，作者是Robert Darnell。

　　连坐(guilt by association)仍然是在生物学过程中分配功能的一个有力证据：与特定RNA结合的蛋白很有可能调控了RNA的命运和行动。为了解RNA功能，我们有必要检测这种关联，而交联免疫沉淀(CLIP)技术就是一种有力工具。

　　CLIP的具体过程如下：利用紫外线让RNA结合蛋白与它们的RNA靶点共价交联，接着用免疫沉淀分离蛋白复合物，随后鉴定RNA靶点的序列。通过捕获多个靶序列，并研究它们的基因组来源，有可能推断出蛋白与其RNA靶点之间的调控及其他功能关系。

　　这一方案的优势在于它只捕获密切相关的RNA和蛋白，因此是高度特异的。而主要缺点为步骤多，并非适用于所有蛋白。然而，若能正确操作，这种方法能为了解RNA结合蛋白的RNA配基特性提供许多有用的线索。

　　2. Imaging Intracellular Signaling Using Two-Photon Fluorescent Lifetime Imaging Microscopy

　　这篇Protocol改编自《Imaging: A Laboratory Manual》一书，作者是Ryohei Yasuda。

　　福斯特共振能量转移(FRET)传感器和FRET成像技术的最新发展实现了细胞内信号转导事件的动态观察，具有很高的时空分辨率。福斯特共振能量转移是指激发态上的供体生色团有可能通过偶极耦合将能量传递给受体生色团(两者距离通常在1nm附近)。这一机理也常称为荧光共振能量转移，但实际上能量并非通过荧光来完成转移。FRET的效率在很大程度上取决于供体和受体之间的距离，让这种现象称为监控蛋白之间相互作用的有用工具。

　　特别值得一提的是，荧光寿命成像(FLIM)与双光子激光扫描显微镜的结合(双光子荧光寿命成像显微镜，2pFILM)是一种功能强大的工具，可监控厚组织中小的亚细胞结构中的信号转导事件。这篇文章为利用2pFILM对细胞内信号进行成像提供了实用的指引。