干酪加工中添加凝乳酶的主要目的是促使牛乳凝结，为排除乳清提供条件。凝乳酶是干酪制造过程中起凝乳作用的关键性酶，同时凝乳酶对干酪的质构形成及干酪特有风味的形成有非常重要的作用。
凝乳酶与酪蛋白的专一性结合使牛乳凝固。
凝乳酶对酪蛋白的凝固可分为2个过程：
（1）酪蛋白在凝乳酶的作用下，形成副酪蛋白，此过程称为酶性变化。
（2）产生的副酪蛋白在游离钙的存在下，在副酪蛋白分子间形成“钙桥”，使副酪蛋白的微粒发生团聚作用而产生凝胶体。此过程称为非酶变化。这两个过程的发生使酪蛋白凝固和酸凝固不同。酶凝固时，钙和磷酸盐并不从酪蛋白微球中游离出来。在实际操作中，凝乳酶凝乳过程的两个阶段有重叠现象，无法明显区分。