分子光谱是分子中电子能级，振动和转动能级的变化产生的，表现为带光谱。
属于这类分析方法的有，紫外可见分光光度法(UV-Vis),红外光谱法（IR)分子荧光光谱法（MFS)和分子磷光光谱法(MPS)，核磁共振与顺磁共振波谱（N）等。
样品本身被激发，然后回到基态，发射出特征光谱。发射光谱一般没有光源，如果有光源那也是作为波长确认之用。在测定时该光源也肯定处于关闭状态。
吸收光谱都有光源，测定时光源始终工作，并且光源、样品、检测器在一直线上。如果不在一直线上，则可能是荧光光谱。
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