区别如下:
1、分子设计育种。通过多种技术的集成与整合, 对育种程序中的诸多因素进行模拟、筛选和优化,，提出最佳的符合育种目标的基因型以及实现目标基因型的亲本选配和后代选择策略, 以提高作物育种中的预见性和育种效率，实现从传统的“经验育种”到定向、高效的“精确育种”的转化。
2、分子育种，就是将基因工程应用于育种工作中，通过基因导入，从而培育出一定要求的新品种的育种方法。
补充说明:
1、经典育种手段和方法包括杂交育种/诱变育种/单倍体育种等等,分子育种主要包括基因工程育种和分子标记辅助选择，其核心仍然是经典育种手段和方法；
2、同时，由于分子生物学研究方法及其技术的应用，研究目的性和研究效率得到提高，原有的种间生殖隔离得到一定程度的打破，显示了明显的优越性。
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