有些滋养体在结肠腔内变为包囊并随粪便排至体外。滋养体主要见于液体性大便中（腹泻的原因无关紧要），但在体外很快死亡。包囊主要见于成形大便中。
包囊对外界环境有抵抗力，它们可以通过人-人直接传播或通过食品或水间接传播。在男性同性恋中，阿米巴病是一种性传播性疾病。寄生于结肠的两种内阿米巴：致病的溶组织内阿米巴和无害的dispar内阿米巴，在形态学上是无法鉴别的。阿米巴粘附在结肠上皮细胞并杀死上皮细胞引起有粘液血便的痢疾。阿米巴还能分泌降解细胞外基质的蛋白酶，使虫体能入侵肠壁甚至到达肠外。阿米巴可经门脉循环扩散并引起坏死性肝脓肿。感染可从肝脏直接扩展蔓延或通过血流扩展至肺，脑和其他器官。