引起中枢神经系统真菌性感染的有致病性真菌和条件致病菌。前者有新型隐球菌、坏孢子菌、皮炎芽生菌、副球孢子菌、申克孢子丝菌、荚膜组织胞浆菌等；后者有念珠菌、曲霉菌、接合菌、毛孢子菌属等。真菌是本病的病原，根据不同的真菌类型，临床上有些差异。各主要真菌的特征为：
1、隐球菌(cryptococcus)
隐球菌目前已知有17个种和7个变异种，其中仅新型隐球菌及其变异型具有致病性。该菌存在于土壤及鸽粪中，鸽子是最重要的传染源。鸽粪进入土壤，干燥后引起尘土飞扬，含有新型隐球菌的泥土颗粒及干燥的真菌颗粒(直径约为1mm的隐球菌)，除呼吸进入肺泡，并在体内迅速形成荚膜，具有荚膜的新型隐球菌具有致病性和免疫原性，并与机体发生免疫反应。当机体抵抗力降低，免疫功能受抑制或头部外伤等条件时，将发生中枢神经系统感染。
2、念珠菌(candida)
属小园酵母菌，依赖于出芽生殖。它广泛存在于自然界，特别是奶制品，水果，蔬菜中，属人类正常菌群之一。白色念珠菌是中枢神经系统感染中最常见的菌种，约占念珠菌中枢神经系统感染的90%左右。
3、曲霉菌(asporgilillosis)
属曲霉属，它广泛分布于自然界、土壤、植物、空气，正常人的面颊，趾间和外耳道。属于条件致病菌。曲霉有200多种，其中约有9种可引起中枢神经系统感染，它们是烟曲霉、白色曲霉、黄曲霉、米曲霉、灰绿曲霉、杂色曲霉、土曲霉、萨氏曲霉等。其中烟曲霉和黄曲霉是引起了类曲霉感染的主要病原体。
4、球孢子菌(coccidioidomyces immitis)
是具有高度传染性双相型真菌，它可以原发感染，亦可继发感染。原发感染以肺部感染为最多见，其次为皮肤。该病症状一般均较轻，病程短，而且自愈。少数病者由于抵抗力降低，或因吸入大量球孢子菌，则出现较重的肺部症状，而且可以播散到脑膜，皮肤及骨骼。脑膜感染约占球孢子菌病的30%强。
5、荚膜组织胞浆菌(histoplasma capsulatum)
该菌种分布于全世界，但以北美洲较多，且为该地区的一种流行病。中国于1955年首先在广州发现。该菌存在于土壤中，人体由吸入含有该真菌的尘土而致病。因此，原发病变为肺部感染，仅10～25%的病者出现中枢神经系统疾病。
皮炎芽生菌(blastomyces dermatitidis)
属双相型真菌，可能存在于土壤或腐木之中，经呼吸道吸入肺部或皮肤而致病。主要流行于北美洲，非洲，中国亦有报道。
副球孢子菌(paracoccidioides brasilliensis)
属双相型真菌性，存在于土壤和植物中，经呼吸道传播。主要流行于南美洲，以巴西和阿根廷为多见。
新型隐球菌分布广泛，在组织中呈圆形或卵圆形，外被有较厚的夹膜。主要存在于土壤、鸽粪以及水果和牛奶之中，也可从正常人体中分离出来。对中枢神经系统具有特殊的较大亲和力，鸽子饲养者的感染率较高。真菌多先从呼吸道侵入人体形成肺部病灶，再经血行扩散至脑乃至全身，也可经消化道、皮肤侵入，或经头部血管直接侵入脑部，个别病例还可经腰椎穿刺将感染带入中枢神经系统。半数以上的感染发生于健康人群，亦好伴发于恶性肿瘤、白血病、淋巴瘤、化疗、放疗、长期服用免疫抑制剂或抗菌素药物、获得性免疫缺陷病、严重营养不良以及恶病质等免疫功能低下等方面的病人，近年来的发病率有明显上升趋势。
隐球菌主要侵犯脑及脑膜，软脑膜显弥漫性浑浊，血管充血、扩张；脑蛛网膜下腔可见胶冻样的炎性渗出物，内有淋巴细胞、浆细胞、多核巨细胞浸润以及大量隐球菌。脑实质内可有多发性充满隐球菌的囊肿或肉芽肿形成。肉芽肿由组织细胞、淋巴样细胞、巨细胞和纤维母细胞组成。除肺及中枢神经系统外，隐球菌还可侵及皮肤、粘膜和骨髓。隐球菌常易成为重症结核性脑膜炎、化脓性脑膜炎等病人的二重或多重感染性致病菌，值得临诊中注意。