胆汁反流性胃炎的病因主要为胃大部切除、胃空肠吻合术后，以及幽门功能失常和慢性胆道疾病，细菌（尤其是幽门螺杆菌）感染、胃酸、胆汁等损害胃黏膜造成炎症，增加胃泌素释放，影响胃十二指肠动力，导致胃-幽门-十二指肠协调运动失调，引起十二指肠逆蠕动增加、幽门关闭功能减弱、胃排空延迟,使得十二指肠内容物过量反流入胃。
任何导致胃肠动力的紊乱，如胃肠神经肽和激素水平异常可使胃肠道运动紊乱，解剖异常的因素，如原发性幽门括约肌功能障碍可使幽门开放时间延长、幽门松弛或持续开放状态，均可发生病理性十二指肠胃反流。
