1．蛋白C缺乏症— 遗传性：遗传性日渐多见。发生率约为人群的1/1.6万，在血栓栓塞症中占2%~5%，年龄较轻的患者中，有较高的发病率（10%~15%）。杂合子型十分常见，人群发病率为0.1%~0.3%。该病为常染色体显性或不完全显性遗传。存在高度遗传的异质性。其病变为蛋白C基因发生突变（包括启动密码突变、剪拼位点突变、移码缺失、移码前移缺失、移码插入、移码前移插入、无义突变、错义突变、隐伏突变等）。蛋白C缺陷只是5~10倍地增高血栓形成的危险性，而导致血栓形成可能存在另外因素，包括其他基因缺陷。
2．蛋白C缺乏症— 获得性：常见于急、慢性肝病。肝脏为合成蛋白C的所在。肝脏合成能力的降低与疾病严重程度相一致。其他弥散性血管内凝血。恶性肿瘤、急性白血病、新生儿及哺乳期婴儿，蛋白C的活性常降低。用双香豆素类药物治疗可以引起维生素K依赖因子-Ⅱ、Ⅶ、Ⅸ、X及蛋白C的减少。由于蛋白C半衰期短，仅6h，比其他凝血因子先降低，因此治疗后可促发高凝状况，引起皮肤血管内血栓及坏死。对用双香豆素类药物进行抗凝和预防血栓时，尤其在肥胖和吸烟等危险因素，必须警惕有此可能发生。蛋白C缺乏时，活性降低比抗原明显。