前列腺结石形成的确切病因目前尚未完全清楚，一般认为可能和以下因素有关：
（1）前列腺炎症
前列腺炎症是前列腺结石的首要发病因素，慢性前列腺炎、前列腺憩室等疾病引起腺管阻塞，分泌物淤滞而发生结石。
（2）前列腺增生
前列腺增生时，可使前列腺管内压力增加，腺管扩张，腺内分泌液淤滞，结石成分在前列腺周围组织上沉积，形成结石。
（3）尿道狭窄
尿道狭窄时，由于狭窄引起的后压使前列腺的导管和腺泡发生扩张和淤滞，也有利于结石的形成。
4、精囊结石的主要病因
（1）射精管阻塞、精液滞留
长期使用抗生素而无效，导致耐药菌广泛存在，射精管口发生梗阻，精液长期受阻，无法正常排出导致淤积时，极易诱发精囊结石，进而形成感染、梗阻、结石的恶性循环。
（2）精液中缺乏蛋白酶
精囊结石成分与胰腺结石相似，胰腺结石的形成与分泌胰结石蛋白基因表达异常有关，因而认为精囊结石的形成是由于精液中缺乏蛋白酶所致。
（3）慢性精囊炎
慢性精囊炎的患者由于长期排尿、排精不畅，造成代谢紊乱，引起结石。
（4）感染
精囊结石可能多为感染性结石，提示脲酶阳性细菌的感染是精囊结石发病的主要原因。