根据流动相所起的作用，化学键合相色谱仪流动相可分为底剂和洗脱剂。底剂决定基本的色谱分离情况，洗脱剂是为了调节样品组分的滞留并对某几个组分具有选择性的分离作用。
一、正相键合相色谱：
流动相极性小于固定相极性。
常用非极性溶剂，样品组分的保留值可加入适当的有机溶剂（调节剂）调节。常用溶剂：氯仿、二氯甲烷、已腈和醇类等。
适用于中等极性化合物的分离，如脂溶性维生素、甾族、芳香醇、芳香胺、脂和有机氯农药等。
二、反相键合相色谱：
流动相极性大于固定相极性。
多以水或无机盐缓冲液为主体，再加入一种能与水相溶的有机溶剂调节，如甲醇、乙睛和四氢呋喃等。
应用最广泛。