Lander 和Botstein（1989）等提出，建立在个体数量性状观测值与双侧标记基因型变量的线性模型的基础上，利用最大似然法对相邻标记构成的区间内任意一点可能存在的QTL 进行似然比检测，进而获得其效应的极大似然估计。
其遗传假设是，数量性状遗传变异只受一对基因控制，表型变异受遗传效应（固定效应） 和剩余误差（随机效应） 控制，不存在基因型与环境的互作。
区间作图法可以估算QTL加性和显性效应值。
与单标记分析法相比，区间作图法具有以下特点：能从支撑区间推断QTL 的可能位置；
可利用标记连锁图在全染色体组系统地搜索QTL，如果一条染色体上只有一个QTL，则QTL的位置和效应估计趋于渐进无偏；
QTL检测所需的个体数大大减少。但IM也存在不足： QTL 回归效应为固定效应；
无法估算基因型与环境间的互作（Q×E），无法检测复杂的遗传效应（如上位效应等）；
当相邻QTLs 相距较近时，由于其作图精度不高，QTLs间相互干扰导致出现Ghost QTL；
一次只应用两个标记进行检查，效率很低。