十二指肠损伤主要有2大原因，即腹部外伤与医源性损伤，前者分为闭合伤和开放伤2大类，后者常因内镜检查和治疗以及右半结肠切除术，胆囊切除术，右肾切除术等手术时误伤所致。
因腹部挫伤所致闭合性十二指肠损伤的机制一般认为是外力直接将十二指肠管挤压于腰椎椎体上而造成，受伤部位以十二指肠降部为主，在十二指肠，空肠交界处，十二指肠处于固定位置，而与之相连的空肠则游离，受伤时空肠上端被突然扯动时，所产生的剪力造成十二指肠远端处的破裂，也有人认为十二指肠空肠曲为锐角，受伤时如幽门括约肌紧闭，十二指肠即有可能成一闭襻，外力作用于肠管使腔内压力骤增，促使肠管爆裂。