2024年2月20日,华大智造在IND2025第五届感染疾病诊断技术及检测自动化建设论坛上发布了其最新款的自发光半导体基因测序仪——DNBSEQ-E25 Flash。这款设备不仅在原有E系列基础上融入了多项AI工具,还在生化原材料和碱基算法上实现了重大突破,将单个测序循环的时间缩短至最快75秒,并能在两小时内完成SE50测序。这一技术进步刷新了传统二代测序仪的速度记录,有望极大提升公共卫生和传染病诊断的效率。

在发布会现场,华大智造副总裁杨梦博士详细介绍了DNBSEQ-E25 Flash的技术优势和应用潜力。他指出,通过结合先进的AI技术,该设备能快速处理高噪声、低质量的信号,并有效缓解相位问题,从而显著提高测序的准确性和速度。此外,新设备的闪速基因测序能力,使得从样本接收到检测报告出具的整个过程时间大幅缩短,满足了对TAT(周转时间)极限需求的应用场景。

杨梦表示:“BT(生物技术)与IT的融合创新是行业必然趋势。”

2小时完成SE50测序
极速提升临床时效

在AI技术的助力下,E系列半导体自发光测序仪迎来了原材料和算法两大提升。基于此的E25 Flash 闪速基因测序仪单个测序循环最快仅需75秒,2个小时内即可完成SE50测序。可满足更多应用对于 TAT (“Turn Around Time”,即周转时间,是指从样本接收至检测报告出具的整个过程所花费的时间) 的极限诉求。在闪速测序方案的加持下,E25 Flash无疑将在公共卫生、传感染疾病诊断等领域发挥优势。

例如,国内某疾病预防控制中心采用华大智造猴痘全基因组靶向建库方案结合E25 Flash闪速测序方案,仅用时9小时就完成了猴痘病例的正确分型,获得组装完整的病毒全长基因组(SE100+10读长,测序时间3.3小时)。

采用DNBelab-D4数字化样本制备系统与E25 Flash“闪速”测序方案,可在5小时内完成对感染病例的快速测序(SE50读长,测序时间2小时),在脓毒症等急、危重病例诊疗方向上展现了巨大的潜力。

AI设计重构发光系统 E25 Flash趋近于速度极限

原有华大智造DNBSEQ E系列测序仪采用“自发光生化+半导体图像传感器”技术,融合 BT+IT,成就了更便携、快速、使用门槛更低的基因测序仪;而E25 Flash则进一步结合了AI工具、自发光生化及半导体图像传感器技术,通过“AI+BT+IT”的融合,真正实现“快人一步”的目标。

在生化原料方面,E系列传统生化原理利用两种荧光素酶标记碱基,产生两组自发光信号并确定碱基类型。

研发团队借助其于2023年在Nature Machine Intelligence杂志发表的AI蛋白设计智能体EvoPlay以及自主搭建的自动化高通量蛋白筛选平台,优化了荧光素酶系统的发光强度与热稳定性,开发出亮度提升8倍的“闪速荧光标记技术”。闪光型荧光素酶独特的发光动力学特征使得一次信号采集即可区分四种碱基(ATCG)。

边缘计算驱动实时分析
为测序工具下沉实现端侧智能

在碱基识别算法方面,研发团队构建了基于循环神经网络的端到端AI分类模型,能够更准确地解析自发光信号。通过大量学习荧光素酶的发光动力学特征,该模型可以在不同测序循环中动态调整分类边界,有效处理高噪声、低质量的信号,并缓解由于超前或滞后反应带来的相位问题。

通过搭载嵌入式边缘计算模块,华大智造将测序数据的实时处理与AI推理能力集成至设备终端。通过引入模型量化加速技术,AI模型可在25秒内完成碱基判读(Basecall)。这一设计不仅降低了数据传输延迟,无需依赖云端算力,为偏远地区及极端环境下的病原体监测提供了可靠支持。

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杨梦博士还展望了半导体图像传感器与AI技术的深度融合,随着消费电子推出亿级像素图像传感器,华大智造计划进一步扩展自发光测序仪通量,将半导体图像传感器单次检测通量提升至亿级reads产出。未来,通过AI驱动的感光模式优化与半导体工艺迭代,基因测序有望像智能手机一样普及,成为“飞入寻常百姓家”的常规医疗工具。

杨梦博士强调:“BT(生物技术)与IT的融合创新是行业必然趋势。自发光半导体测序路线,其实是利用工业领域皇冠明珠的半导体技术来赋能我们BT领域的产品开发。我们希望将这套技术以更加开放和开源的方式,与伙伴、下游厂商进行合作。只有开放合作,复用供应链与算法能力,才能打破技术壁垒,让基因检测真正服务于全球公共卫生事业,实现测序平权。”随着技术的不断进步和市场的积极响应,华大智造的DNBSEQ-E25 Flash预计将在全球范围内推动精准医疗和医疗创新的进程,为人类健康做出更大贡献。

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