单基因检测和二代测序

在肺癌患者中，有一批携带驱动基因突变的患者，在治疗上可以针对突变的基因采用靶向治疗。在预后上，这部分患者也往往具有较长的生存期。目前，指南推荐了9个靶向治疗的相关基因，他们分别是：EGFR、ALK、ROS1、Her2、KRAS、MET、RET、BRAF和最近一年刚进入指南的NTRK基因。为了识别这一部分患者，患者需要进行基因检测，而基因检测的方法有哪些呢？

单基因检测及其优势

首先是单基因检测，所谓单基因就是针对其中一个或者几个基因进行检测。常用的方法有ARMS-PCR法、ddPCR法、荧光原位杂交法（FISH） 和一代测序法。单基因检测的优势在于：1.检测时间短，一般2-3天就可以完成检测；2.检测费用低，单个基因的检测费用在几百到一千多不等；3.效率高，一项研究分析了1770例中国非小细胞肺癌的测序结果显示，EGFR基因突变患者占全部突变患者的一半以上，几个常见基因突变约占全部突变的70%，几个常见单基因检测组合就可以发现大多数基因突变的患者。因此，临床上大多对EGFR、ALK、ROS1、KRAS等常见突变进行单基因检测。

什么是二代测序？

近年来下一代测序技术（next generation sequencing, NGS），已经逐渐广泛地应用到肺癌治疗中。下一代测序技术，又称高通量测序技术，下文简称二代测序。既然提到二代测序，那首先要说一说一代测序。一代测序，又称sanger测序，是由sanger在1977年发明的一种测序方法，它具有准确率高，速度快的特点，但一次只能测一条较长的序列。而二代测序，其最重要的特点就是一次可以测大量的序列，这也是它被称为高通量测序的原因。打个比方，如果说一个人的基因图谱是一本书，那么一代测序是1个人看书，这个人一次可以看5页。而二代测序是同时找100个人看书，每个人一次看可以1页。这样，二代测序可以更快的看完一本书。

临床上现有的二代测序，主要有三种层面：第一种应用最多，人为挑选一部分基因组成套餐进行测序，例如将指南中推荐的9个靶向治疗的相关基因打包在一起进行检测。市面上也有多种检测套餐，大的套餐可以包含300-400个基因。第二种是全外显子检测，将所有已知的编码基因进行检测。在此基础上，可以得知肿瘤突变负荷等更多的信息。第三种是全基因组测序，全基因组测序还包含了编码基因的之间的序列。

二代测序有什么优势？

？首先，单基因检测仅覆盖几个常见基因以及已知的突变类型，而二代测序的套餐可以覆盖其它罕见突变、未知突变类型以及某些指南未推荐的基因，未来如果有针对新靶点的药物上市，接受二代测序的患者会因此受益。

其次，单基因检测常用的PCR法对组织的要求较高，如果活检样本较少，就难以完成多个基因的单基因检测。而二代测序可以用少量组织完成大套餐的基因检测。

再次，二代测序的灵敏度更高，对于基因突变发生率较高的人群，常规基因检测为阴性时，可以使用二代测序再次检测。最后，对无驱动基因突变的患者，二代测序可以获得肿瘤突变负荷及PD-L1表达等信息，可以用于预测免疫治疗的疗效。

单基因检测or二代测序，该如何选择？

二代测序优势如此明显，就没有什么缺点吗，作为患者又该如何选择呢？

有关二代测序的价格问题，往往超万元甚至两万元，同时需要的时间也更长，包含较多基因的大套餐检测至少需要1周以上的时间。

对于小细胞肺癌的患者，尽管目前没有明确有治疗价值驱动基因，但是由于免疫治疗的介入，我们也需要了解有关免疫治疗的影响，甚至超进展的相关基因的情况。

对于鳞癌患者，尤其是有吸烟史的鳞癌患者，出现EGFR、ALK、ROS1等常见突变的概率很低，我们不建议进行单基因检测，有经济能力的患者可以选择包含其它罕见突变基因检测的大套餐的二代测序。

对于腺癌患者，尤其是非吸烟的腺癌患者，由于EGFR、ALK、ROS1等常见突变概率很高，因此可行常见基因的单基因检测，节约时间和经济成本。

对于所有肺癌的病人，我们都建议进行二代测序，除病人由于经济情况或者时间冲突，可以考虑先做单基因监测。二代测序除了可以了解常见的基因突变以外，另外对于潜在基因突变我们也可以有全面的了解。另外由于目前免疫治疗的使用，在了解相关的免疫治疗的正向基因和负向基因方面，也能够提供大量的数据支持。