(1)胶板的清洁是灌胶能否成功的第一关键步骤。反复使用时要将玻璃板和间隔片上凝胶去除干净，彻底洗净后干燥。用乙醇擦拭玻璃板上残留水渍。不能有一点残留的凝胶和残渣，否则灌胶时会产生气泡。
(2)灌胶前要对玻璃板分别进行处理。长玻璃用亲和硅烷，短玻璃用剥离硅烷处理，便于电泳结束后长短玻璃板的分离，凝胶都粘附在长玻璃板上。处理时先用剥离硅烷涂抹短玻璃，再用亲和硅烷涂抹长玻璃，能不更换手套就避免亲和硅烷污染短玻璃。玻璃板上不能有多余硅烷，否则干燥后会留下水印，在后续实验如硝酸银染色显示条带时会有水印痕迹，影响显色条带的观察。可用镜头纸拭去多余硅烷。涂抹均匀后分开放置干燥玻璃，最好干燥过夜，否则会粘胶。