可增加吡非尼酮不良反应的药物：环丙沙星、胺碘酮、普罗帕酮，应避免合用。
可降低吡非尼酮疗效的药物：奥美拉唑、利福平，合用应提高警惕。
吡非尼酮与氟伏沙明合用时，清除率显著降低，数日内吡非尼酮血药浓度明显升高。因此，吡非尼酮不应与CYP1A2中效或强效抑制剂联合使用。
在临床试验中发现吡非尼酮可以改善轻到中度特异性肺纤维化患者的肺功能指标，但尚未发现它能够逆转肺纤维化。
本品可能导致严重的光敏反应，长期暴露在光线下，有导致皮肤癌的可能。使用时要事先对患者进行详细说明。
吡非尼酮可被多种CYP酶(CYP1A2、2C9、2C19、2D6、2E1)所代谢，故与其他药物合用时，较易受其他药物所引发的CYP酶活性抑制或诱导的影响。