以下是一些可以用于生产微生物絮凝剂的微生物种类：
细菌：
红平红球菌（Rhodococcus erythropolis）：1986年Kurane等人利用其研制成功微生物絮凝剂NOC - 1，对大肠杆菌、酵母、泥浆水、河水、粉煤灰水、活性碳粉水、膨胀污泥、纸浆废水等均有极好的絮凝和脱色效果。
假单胞菌（Pseudomonas）：如从污水处理厂活性污泥中筛选出的一株假单胞菌可产生絮凝剂，当发酵液pH = 7.0，投量体积分数为2.5% ，助凝剂采用CaCl₂且投量为1.0g/L时，对4.0g/L的高岭土悬液的絮凝效果最佳，絮凝率为91.6%。
芽孢杆菌（Bacillus） ：许多芽孢杆菌菌株被发现具有产生絮凝物质的能力。
真菌：
酱油曲霉（Aspergillus souae）AJ7002 ：1976 年，Nakamura j.等人从霉菌、细菌、放线菌、酵母菌等菌种中筛选出19种具有絮凝能力的微生物，其中酱油曲霉AJ7002产生的絮凝剂效果较好。
拟青霉（Paecilomyces sp.）：1985年，Takagi H 等人研究的拟青霉素（Paecilomyces sp.l - 1）微生物产生的絮凝剂PF101对枯草杆菌、大肠杆菌、啤酒酵母、血红细胞、活性污泥、纤维素粉、活性炭、硅藻土、氧化铝等有良好的絮凝效果。
放线菌 ：也是较早被关注能产生微生物絮凝剂的一类微生物。 此外，在活性污泥、土壤、沉积物等环境中，还存在着许多未被充分研究和开发利用的微生物，也可能具有生产微生物絮凝剂的能力。随着研究的不断深入，新的微生物资源被不断挖掘用于微生物絮凝剂的生产。
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