按照PNP底物专一性和分子量大小,可以将不同生物来源的PNP分为为高分子量同源六聚体类和低分子量同源三聚体类。多数细菌PNP属六聚体,亚基分子量为25kDa,底物专一性不强,能接受腺苷、鸟苷、肌苷为底物;哺乳动物和部分微生物(Bacillus cereus、Bacillus stearothmophilusTH 6-2)PNP为三聚体,亚基分子量为30~32kDa,通常只接受肌苷、鸟苷为底物;某些微生物,如大肠杆菌、枯草芽孢杆菌、嗜热脂肪芽孢杆菌,会同时存在两种聚体PNP。