根据《国家临床医学研究中心管理办法（2017年修订）》和《国家临床医学研究中心运行绩效评估方案（试行）》的的规定和要求，科技部、国家卫生健康委、中央军委后勤保障部、国家药监局对建设期已满三年的国家临床医学研究中心进行了运行绩效评估，现将评估结果予以公示，公示时间为2019年10月29日至11月13日。
| 中心名称 | 依托单位（按单位笔画排序) |
| 评估结果优秀类 | |
| 国家呼吸系统疾病临床医学研究中心 | 广州医科大学附属第一医院 |
| 国家代谢性疾病临床医学研究中心 | 上海交通大学医学院附属瑞金医院 |
| 国家慢性肾病临床医学研究中心 | 中国人民解放军总医院 |
| 国家心血管疾病临床医学研究中心 | 中国医学科学院阜外医院 |
| 国家恶性肿瘤临床医学研究中心 | 中国医学科学院肿瘤医院 |
| 国家神经系统疾病临床医学研究中心 | 首都医科大学附属北京天坛医院 |
| 评估结果合格类 | |
| 国家慢性肾病临床医学研究中心 | 中国人民解放军东部战区总医院 （原南京总医院） |
| 国家妇产疾病临床医学研究中心 | 中国医学科学院北京协和医院 |
| 国家代谢性疾病临床医学研究中心 | 中南大学湘雅二医院 |
| 国家精神心理疾病临床医学研究中心 | 中南大学湘雅二医院 |
| 国家恶性肿瘤临床医学研究中心 | 天津医科大学肿瘤医院 |
| 国家妇产疾病临床医学研究中心 | 北京大学第三医院 |
| 国家精神心理疾病临床医学研究中心 | 北京大学第六医院 |
| 国家妇产疾病临床医学研究中心 | 华中科技大学同济医学院附属同济医院 |
| 国家消化系统疾病临床医学研究中心 | 空军军医大学第一附属医院 （原第四军医大学西京医院） |
| 国家慢性肾病临床医学研究中心 | 南方医科大学南方医院 |
| 国家呼吸系统疾病临床医学研究中心 | 首都医科大学附属北京儿童医院 |
| 国家消化系统疾病临床医学研究中心 | 首都医科大学附属北京友谊医院 |
| 国家心血管疾病临床医学研究中心 | 首都医科大学附属北京安贞医院 |
| 国家精神心理疾病临床医学研究中心 | 首都医科大学附属北京安定医院 |
| 国家消化系统疾病临床医学研究中心 | 海军军医大学第一附属医院 （原第二军医大学长海医院） |
如对公示对象的绩效评估结果有异议，可以向科技部书面反映。凡以单位名义反映情况的材料要加盖单位公章，以个人名义反映情况的材料要具实名并附联系方式。反映情况的材料要客观准确、依据确凿，对匿名或无具体事实根据的举报，不予受理。
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